J-Q9000 permette di gestire tutti i processi e la documentazione chiave di un sistema qualità secondo le norme ISO 9000. Oltre alla documentazione e ai suoi iter di redazione, approvazione e pubblicazione, il software gestisce i documenti e i processi di gestione delle Non conformità, dei reclami, delle verifiche ispettive interne ed esterne, delle azioni correttive, preventive e di miglioramento tipici di una gestione ISO 9000.